中華民國保麗龍回收再生協會除執行本身會務工作以外，內部設有稽核人員，進行對外各項回收清除處理再利用工作之連絡、督導、管理、統計等工作，並由本會常務理事會議定期進行查核和支援任務，當然行政院環保署廢棄物管理處每月亦執行相關督導、管理事宜，也就是說有關內部控管作係依據本會自民國91年啟動自辦回收案以來至今所累積的經驗，不斷進行改善後的控管模式。